Возобновляя следствие по собственной инициативе, со стадии ознакомления с материалами уголовного дела следователь возвращает дело на стадию предварительного расследования, после чего срок содержания подстражей определяется с момента задержания обвиняемого и до окончания ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами уголовного дела, направления уголовного дела прокурору с обвинительным заключением, обвинительным актом, обвинительным постановлением или постановлением о направлении уголовного дела в суд для применения принудительной меры медицинского характера, а также для принятия прокурором и судом решений по поступившему уголовному делу.

Законодатель с последующими разъяснениями Конституционного суда РФ, разделяет содержание под стражей на несколько этапов:

1. На стадии предварительного следствия.
2. На стадии ознакомлении с материалами дела в порядке ст.217 УПК РФ, вместе с требованиями ст.221 УПК РФ (решение прокурора по уголовному делу).
3. На стадии поступление уголовного дела в суд и принятия судом решений по поступившему уголовному делу (назначение судебного разбирательств, определение меры пресечения).
4. На стадии выявления судом препятствий к рассмотрению дела по существу и направлению его прокурору для устранения препятствий.
5. Судебного разбирательства
6. До вступления приговора в законную силу.

В случае возобновления расследования на стадии ознакомления с материалами уголовного дела, следователь выполняет необходимые следственные действия, заканчивает расследование и выполняет требования ст.217 УПК РФ (ознакомление с материалами уголовного дела).

Особо следует отметить, что после "вторичного" окончания следствия, ознакомление с материалами уголовного дела продолжается, а начинается с начала.

Таким образом, в случае истечения предельного срока нахождения под стражей, это 18 месяцев на стадии предварительного следствия до его окончания, дальнейшее содержание является не допустимым.

Срок нахождения под стражей на стадии ознакомлении с материалами дела с включается в срок расследования уголовного дела, так как повторное исчисление установленного ч.5 ст. 109 РФ срока (т.е. повторное применение предусмотренного этой нормой условия) с момента предъявления обвиняемому и его защитнику материалов дела, полученных после возобновления по инициативе следователя производства следственных и иных процессуальных действий на этапе ознакомления с материалами оконченного расследованием уголовного дела, когда предельный срок содержания под стражей, закрепленный ч.3 ст.109 УПК РФ был уже превышен при первоначальном применении предусмотренного ее ч.ч.5,7,8, механизма продления этого срока, - повлекло нарушение требований ч.ч. 9, 10, 12 ст. 109 УПК РФ.

Аналогичное мнение было высказано в Определение Конституционного Суда РФ от 06.06.2016 N 1436-О "По жалобе гражданина Максимова Максима Николаевича на нарушение его конституционных прав положениями частей пятой, шестой и седьмой статьи 109 Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации" в пункте 3.1.

В нормах УПК РФ отсутствует термин как "первоначальное ознакомление с материалами уголовного дела".

Обстоятельства, что "первоначально" материалы уголовного дела предъявлялись для ознакомления более чем за 30 суток, не имеет принципиального правового смысла и не может соотносится с возобновлением предварительного следствия со стадии ознакомления с материалами дела, более этого при возобновлении предварительного следствия и после его окончания, процедура ознакомления начинается с начала.

Так ч.1 ст.217 УПК РФ регулируют порядок окончания предварительного следствия с обвинительным заключением и содержат адресованное следователю требование предъявить обвиняемому и его защитнику подшитые и пронумерованные материалы уголовного дела. При этом в силу ст. 219 УПК РФ в ходе ознакомления обвиняемого и его защитника с уголовным делом не исключается дополнение этого дела новыми материалами, однако только при наличии соответствующего ходатайства заявленного одним из участников производства по уголовному делу (часть первая) и при последующем уведомлении обвиняемого и его защитника об окончании производства дополнительных следственных действий и при предоставлении им возможности ознакомиться с полученными материалами (часть вторая). Соответственно, названные нормы не предполагают возможность произвольного дополнения материалов уголовного дела и ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами дела в неполном объеме, однако это относится только к производству дополнительных следственных действий которые не влияют на суть и пределы обвинения и осуществляются параллельно с ознакомлением с материалами уголовного дела, в случае же с возобновлением предварительного расследования может меняться суть, пределы обвинения, а так же доказательная база обвинения, то есть для чего необходимо производство ознакомления с материалами уголовного дела начинать заново.

При этом у следователя имеется возможность изменить не только суть и пределы обвинения, но и сформировать иные доказательства, то есть изменить материалы уголовного дела и после окончания предварительного следствия представить уголовное дело в ином состоянии.

Начало ознакомление с окончательными материалами уголовного дела возможно только при условии соблюдения требований ст.ст.215 - 217 УПК РФ.
Производство следственных действий в период ознакомления с материалами уголовного дела и влияющими на суть и пределы обвинения УПК РФ не допускаются.

Так после окончания предварительного следствия следователь во исполнения ч.1 ст.215 УПК РФ декларирует что все следственные действия по уголовному делу произведены, а собранные доказательства достаточны для составления обвинительного заключения, дальнейшее дополнения допустимо в порядке ст.219 УПК РФ и только при наличии соответствующего ходатайства заявленного одним из участников производства по уголовному делу.

Особо следует обратить внимание, что следователь объявляет об окончании предварительного следствия тогда, когда посчитает, что материала достаточно для составления обвинительного заключения.

Согласно п. 3 ч.1 ст.220 УПК РФ в обвинительном заключении следователь указывает: существо обвинения, место и время совершения преступления, его способы, мотивы, цели, последствия и другие обстоятельства, имеющие значение для данного уголовного дела.

Следователь, в чьем производстве находится уголовное дело, действуя в пределах данного ему срока, до передачи уголовного дела прокурору самостоятельно направлять ход расследования, принимать решение о производстве следственных и иных процессуальных действий (п.3. ч.1 ст.38 УПК РФ).

Именно право направлять ход расследование и определяет полномочия следователя, однако его полномочия имеют процессуальное ограничение, как то предельный срок следствия, который продлевается не по решению следователя а соответствующим его руководством, так и срок содержания под стражей обвиняемых.

Часть 1 ст. 109 УПК РФ определяет, что содержание под стражей при расследовании преступлений не может превышать 2 месяца.

Часть 2 ст.109 УПК РФ указывает, что в случае невозможности закончить предварительное следствие в срок до 2 месяцев и при отсутствии оснований для изменения или отмены меры пресечения этот срок может быть продлен.

Согласно ч.2 ст.162 УПК РФ в срок предварительного следствия включается время со дня возбуждения уголовного дела и до дня его направления прокурору с обвинительным заключением или постановлением о передаче уголовного дела в суд для рассмотрения вопроса о применении принудительных мер медицинского характера либо до дня вынесения постановления о прекращении производства по уголовному делу.

То есть законодатель определил, что срок предварительного следствия и срок содержания под стражей понятия не тождественные. Так срок содержание под стражей может быть только на стадии расследования преступления и имеет ограничения на стадии предварительного следствия.

В силу ч.3 ст.109 УПК РФ срок содержания под стражей свыше 12 месяцев может быть продлен лишь в исключительных случаях до 18 месяцев.

Согласно ч.4 ст.109 УПК РФ дальнейшее продление срока не допускается.

Обвиняемый, содержащийся под стражей, подлежит немедленному освобождению.

Таким образом, значимыми является:

1. Отсутствие возможности следователя окончить предварительное следствия, то есть принять решение в порядке ч.1 ст.215 УПК РФ.
2. Ограничение содержания под стражей в 18 месяцев, когда следователь не может окончить предварительное следствия, то есть принять решение в порядке ч.1 ст.215 УПК РФ.

Возобновление предварительного следствия, после его окончания не может служить безусловным основанием бессрочного удержание обвиняемого под стражей с исключением требований ч.4 ст.109 УПК РФ.

Принятия следователем каких ибо "промежуточных" решений об окончания предварительного следствия не может влиять на общие исчисление сроков содержания под стражей.

К исключительному случаю превышение предельно допустимого срока содержания под стражей на стадии предварительного следствия является:

1. На основании п.1 ч.8 ст.109 УПК РФ - необходимый для окончания ознакомления обвиняемого и его защитника с материалами уголовного дела, направления уголовного дела прокурору с обвинительным заключением.
2. На основании ч.8.1. ст.109 УПК РФ по уголовному делу, направляемому прокурору с обвинительным заключением для обеспечения принятия прокурором, а также судом решений по поступившему уголовному делу.
3. На основании ч.8.2. ст.109 УПК РФ В случае возвращения прокурором уголовного дела следователю для обеспечения принятия вышестоящим прокурором, а также судом решений по поступившему уголовному делу
4. на основании ч.8.3. ст.109 УПК РФ В случае, предусмотренном частью второй.1 статьи 221 по ходатайству прокурора оказывается недостаточным для принятия решения по ст.2121 УПК РФ.

То есть, срок содержание под стражей на стадии расследования предполагает осуществление не только требований ст.217 УПК РФ и время прокурору для принятия решения в порядке ст.221 УПК РФ, но и время для рассмотрения судом дальнейшего срока содержания под стражей при поступлении дела в суд с обвинительным заключением.

Однако исключительному случаю превышение предельно допустимого срока содержания под стражей не относится возобновление предварительного расследования, равно как и направление уголовного дела следователю прокурором после возвращения уголовного дела для исправление недостатков, в случае принятия следователем дела к производству и возобновления следствия .
Статья 109 УПК РФ подвергалась многочисленными ревизиями Конституционного суда РФ.

Так Определение Конституционного Суда РФ от 06.06.2016 N 1436-О "По жалобе гражданина Максимова Максима Николаевича на нарушение его конституционных прав положениями частей пятой, шестой и седьмой статьи 109 Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации" в пункте 3.1. определяет, что:
"(абзац 1 п.3.1.) Регулируя порядок окончания предварительного следствия с обвинительным заключением, Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации предусматривает в частях первой и второй статьи 219 возможность в ходе ознакомления с материалами завершенного расследования дополнить материалы уголовного дела лишь в случае удовлетворения соответствующего ходатайства, заявленного одним из участников производства по данному делу (что не препятствует продолжению ознакомления с материалами дела другими участниками), а также содержит адресованное следователю требование по окончании производства дополнительных следственных действий уведомить об этом участников процесса и предоставить им возможность ознакомления с полученными материалами. Приведенные нормы, как неоднократно указывал Конституционный Суд Российской Федерации, не предполагают произвольное дополнение материалов уголовного дела, ознакомление обвиняемого и его защитника с такими материалами в неполном объеме и не имеют предметом регулирования сроки содержания под стражей, основания и порядок их продления (определения от 16 июля 2009 года N 979-О-О, от 25 февраля 2013 года N 184-О, от 24 октября 2013 года N 1602-О, от 22 апреля 2014 года N 878-О и от 23 июня 2015 года N 1519-О)".
"(абзац 2 п.3.1.) В данном случае участники процесса уведомляются о том, что, согласно позиции стороны обвинения, все необходимые следственные действия произведены, а собранные доказательства достаточны для составления обвинительного заключения (части первая и вторая статьи 215 УПК Российской Федерации). Дополнительные же следственные действия, осуществляемые на этом этапе в период срока содержания обвиняемого под стражей, определенного судом сверх установленного законом предела, являются частью обеспечивающей разрешение ходатайства о дополнении материалов оконченного расследованием уголовного дела процедуры, не тождественной по своей правовой природе возобновлению предварительного расследования, которое, по смыслу части шестой статьи 162, статей 211, 214 и пункта 2 части первой статьи 221 УПК Российской Федерации, применяется к производству по ранее приостановленным или прекращенным делам, а также при возвращении прокурором поступившего с обвинительным заключением уголовного дела для производства дополнительного следствия".

Особо следует обратить внимание на позицию Конституционного суда выразившееся в 3 абзаце п.3.1. Определения - "повторное исчисление установленного частью пятой статьи 109 УПК Российской Федерации срока (т.е. повторное применение предусмотренного этой нормой условия) с момента предъявления обвиняемому и его защитнику материалов дела, полученных после возобновления по инициативе следователя производства следственных и иных процессуальных действий на этапе ознакомления с материалами оконченного расследованием уголовного дела, когда предельный срок содержания под стражей, закрепленный частями второй и третьей той же статьи, был уже превышен при первоначальном применении предусмотренного ее частями пятой, седьмой и восьмой механизма продления этого срока, - влекло бы нарушение требований частей девятой, десятой и двенадцатой статьи 109 УПК Российской Федерации, согласно которым в срок содержания обвиняемого под стражей включается все время, проведенное им под стражей ранее, а потому нарушало бы запрет произвольного содержания под стражей, не соответствующего статье 55 (часть 3) Конституции Российской Федерации и пункту 1 статьи 9 Международного пакта о гражданских и политических правах, формулирующим условия правомерного ограничения права на свободу".

Таким образом, действия срока содержания под стражей в рамках установленного судом срока, в случае продления в установленном порядке мог бы действовать:

1. Либо при непрерывном продолжении выполнения требований ст.217 УПК РФ;
2. Либо при разрешении существа заявленных участниками производства по уголовному дела ходатайств о дополнении материалов уголовного дела, времени, необходимого для их рассмотрения, разрешения и ознакомления с вновь приобщенными к делу материалами.
3. Либо после поступления дела в суд с обвинительным заключением, продлением срока содержания под стражей на стадии поступления дела в суд и последующего его возврата прокурору для устранения препятствия рассмотрению, если такие недостатки устраняются прокурором, а не следователем при возобновлении расследования

В остальных случаях срок в 18 месяцев является предельным.

Согласно ч.4 ст.109 УПК РФ дальнейшее продление срока не допускается.

Обвиняемый, содержащийся под стражей, подлежит немедленному освобождению.

Совокупность указанных выше норм не дает правовой неопределенности в произвольном трактования срока содержания подстражей на каждом разделенным законодателем этапе, при котором при возобновление предварительного следствия со стадии ознакомления с материалами уголовного дела, срок нахождения подстражей при таком ознакомлении входит в общий срок предусмотренный ч.ч.2,3 ст.109 УПК РФ с ограничением в 18 месяцев. При этом до волеизъявление следователя о возобновления предварительного следствия по делу содержание под стражей определяется по нормам ч.8 ст.109 УПК РФ, а после возобновления применением ч.4 ст.109 УПК РФ является обязательным, по общему исчислению сроков следователь обязан в течение суток после вынесения постановления освободить лицо, чей срок содержания под стражей на стадии предварительного расследования привесил 18 месяцев.

Однако на практике встречаются и иное мнение следователей, прокуроров, а иногда и судей, исправление юридической ошибки доказывается защитой в судах вышей инстанции.